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  1. Benndorf, Dirk [VerfasserIn]; Saake, Gunter [VerfasserIn]; Heyer, Robert [VerfasserIn]; Schallert, Kay [VerfasserIn] ; Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg Lehrstuhl für Bioprozesstechnik, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg Arbeitsgruppe Datenbanken und Software Engineering

    MetaProteomeAnalyzer Service - innerhalb Deutsches Netzwerk für Bioinformatik-Infrastruktur - de.NBI

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    Magdeburg: [Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, Lehrstuhl Bioprozesstechnik/AG Datenbanken & Software Engineering], [2022?]

  2. Walke, Daniel [VerfasserIn]; Micheel, Daniel [VerfasserIn]; Schallert, Kay [VerfasserIn]; Muth, Thilo [VerfasserIn]; Broneske, David [VerfasserIn]; Saake, Gunter [VerfasserIn]; Heyer, Robert [VerfasserIn]

    The importance of graph databases and graph learning for clinical applications

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    2023

    Erschienen in: Database ; 2023(2023), Artikel-ID baad045

  3. Zoun, Roman [VerfasserIn]; Schallert, Kay [VerfasserIn]; Broneske, David [VerfasserIn]; Trifonova, Ivayla [VerfasserIn]; Chen, Xiao [VerfasserIn]; Heyer, Robert [VerfasserIn]; Benndorf, Dirk [VerfasserIn]; Saake, Gunter [VerfasserIn]

    An investigation of alternatives to transform protein sequence databases to a columnar index schema

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    2021

    Erschienen in: Algorithms ; 14(2021), 2, Artikel-ID 59

  4. Zoun, Roman [VerfasserIn]; Schallert, Kay [VerfasserIn]; Broneske, David [VerfasserIn]; Trifonova, Ivayla [VerfasserIn]; Chen, Xiao [VerfasserIn]; Heyer, Robert [VerfasserIn]; Benndorf, Dirk [VerfasserIn]; Saake, Gunter [VerfasserIn]

    An Investigation of Alternatives to Transform Protein Sequence Databases to a Columnar Index Schema

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    Februar 2021

    Erschienen in: Algorithms ; 14(2021), 2, Artikel-ID 59

  5. Walke, Daniel [VerfasserIn]; Schallert, Kay [VerfasserIn]; Ramesh, Prasanna [VerfasserIn]; Benndorf, Dirk [VerfasserIn]; Lange, Emanuel [VerfasserIn]; Reichl, Udo [VerfasserIn]; Heyer, Robert [VerfasserIn]

    MPA_Pathway_Tool : user-friendly, automatic assignment of microbial community data on metabolic pathways

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    2021

    Erschienen in: International journal of molecular sciences ; 22(2021), 20, Artikel-ID 10992

  6. Zoun, Roman [VerfasserIn]; Schallert, Kay [VerfasserIn]; Broneske, David [VerfasserIn]; Falkenberg, Sören [VerfasserIn]; Heyer, Robert [VerfasserIn]; Wehnert, Sabine [VerfasserIn]; Brehmer, Sven [VerfasserIn]; Benndorf, Dirk [VerfasserIn]; Saake, Gunter [VerfasserIn]

    MStream: proof of concept of an analytic cloud platform for near-real-time diagnostics using mass spectrometry data

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    Magdeburg: Fakultät für Informatik, Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg, 2019

    Erschienen in: Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg: Technical report ; 201902

  7. Heyer, Robert [VerfasserIn]; Hellwig, Patrick [VerfasserIn]; Maus, Irena [VerfasserIn]; Walke, Danile [VerfasserIn]; Schlüter, Andreas [VerfasserIn]; Hassa, Julia [VerfasserIn]; Sczyrba, Alexander [VerfasserIn]; Tubbesing, Tom [VerfasserIn]; Klocke, Michael [VerfasserIn]; Mächtig, Torsten [VerfasserIn]; Schallert, Kay [VerfasserIn]; Seick, Ingolf [VerfasserIn]; Reichl, Udo [VerfasserIn]; Benndorf, Dirk [VerfasserIn]

    Breakdown of hardly degradable carbohydrates (lignocellulose) in a two-stage anaerobic digestion plant is favored in the main fermenter

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    2024

    Erschienen in: Water research ; 250(2024), Artikel-ID 121020

  8. Sydor, Svenja [VerfasserIn]; Dandyk, Christian [VerfasserIn]; Schwerdt, Johannes [VerfasserIn]; Manka, Paul [VerfasserIn]; Benndorf, Dirk [VerfasserIn]; Lehmann, Theresa [VerfasserIn]; Schallert, Kay [VerfasserIn]; Wolf, Maximilian [VerfasserIn]; Reichl, Udo [VerfasserIn]; Canbay, Ali E. [VerfasserIn]; Bechmann, Lars P. [VerfasserIn]; Heyer, Robert [VerfasserIn]

    Discovering biomarkers for non-alcoholic steatohepatitis patients with and without hepatocellular carcinoma using fecal metaproteomics

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    2022

    Erschienen in: International journal of molecular sciences ; 23(2022), 16, Artikel-ID 8841

  9. Biemann, Ronald [VerfasserIn]; Buß, Enrico [VerfasserIn]; Benndorf, Dirk [VerfasserIn]; Lehmann, Theresa [VerfasserIn]; Schallert, Kay [VerfasserIn]; Püttker, Sebastian [VerfasserIn]; Reichl, Udo [VerfasserIn]; Isermann, Berend [VerfasserIn]; Schneider, Jochen [VerfasserIn]; Saake, Gunter [VerfasserIn]; Heyer, Robert [VerfasserIn]

    Fecal metaproteomics reveals reduced gut inflammation and changed microbial metabolism following lifestyle-induced weight loss

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    2021

    Erschienen in: Biomolecules ; Vol.11.2021, 5, 726, insgesamt 13 Seiten

  10. Starke, Robert [VerfasserIn]; Siles, José A. [VerfasserIn]; Parente Fernandes, Maysa Lima [VerfasserIn]; Schallert, Kay [VerfasserIn]; Benndorf, Dirk [VerfasserIn]; Plaza, Cesar [VerfasserIn]; Jehmlich, Nico [VerfasserIn]; Delgado-Baquerizo, Manuel [VerfasserIn]; Bastida, Felipe [VerfasserIn]

    The structure and function of soil archaea across biomes

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    2021

    Erschienen in: Journal of proteomics ; 237(2021), Artikel-ID 104147, Seite 1-4

  11. Bastida, F. [VerfasserIn]; Jehmlich, N. [VerfasserIn]; Starke, R. [VerfasserIn]; Schallert, Kay [VerfasserIn]; Benndorf, Dirk [VerfasserIn]; López-Mondéjar, R. [VerfasserIn]; Plaza, C. [VerfasserIn]; Freixino, Z. [VerfasserIn]; Ramírez-Ortuño, C. [VerfasserIn]; Ruiz-Navarro, A. [VerfasserIn]; Díaz-López, M. [VerfasserIn]; Vera, A. [VerfasserIn]; Moreno, J. L. [VerfasserIn]; Eldridge, D. J. [VerfasserIn]; García, C. [VerfasserIn]; Delgado-Baquerizo, M. [VerfasserIn]

    Structure and function of bacterial metaproteomes across biomes

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    2021

    Erschienen in: Soil biology & biochemistry ; 160(2021), Artikel-ID 108331, Seite 1-9

  12. Heyer, Robert [VerfasserIn]; Schallert, Kay [VerfasserIn]; Siewert, C. [VerfasserIn]; Kohrs, F. [VerfasserIn]; Greve, J. [VerfasserIn]; Maus, I. [VerfasserIn]; Klang, J. [VerfasserIn]; Klocke, M. [VerfasserIn]; Heiermann, M. [VerfasserIn]; Hoffmann, Michael [VerfasserIn]; Püttker, Sebastian [VerfasserIn]; Calusinska, M. [VerfasserIn]; Zoun, Roman [VerfasserIn]; Saake, Gunter [VerfasserIn]; Benndorf, Dirk [VerfasserIn]; Reichl, Udo [VerfasserIn]

    Metaproteome analysis reveals that syntrophy, competition, and phage-host interaction shape microbial communities in biogas plants

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    2019

    Erschienen in: Microbiome ; 7(2019), Artikel-ID 69

  13. Van Den Bossche, Tim [VerfasserIn]; Kunath, Benoit J. [VerfasserIn]; Schallert, Kay [VerfasserIn]; Schäpe, Stephanie S. [VerfasserIn]; Abraham, Paul C. [VerfasserIn]; Armengaud, Jean [VerfasserIn]; Arntzen, Magnus Ø. [VerfasserIn]; Bassignani, Ariane [VerfasserIn]; Benndorf, Dirk [VerfasserIn]; Fuchs, Steohan [VerfasserIn]; Giannone, Richard J. [VerfasserIn]; Griffin, Timothy J. [VerfasserIn]; Hagen, Live H. [VerfasserIn]; Halder, Rashi [VerfasserIn]; Henry, Céline [VerfasserIn]; Hettich, Robert L. [VerfasserIn]; Heyer, Robert [VerfasserIn]; Jagtap, Pratik [VerfasserIn]; Jehmlich, Nico [VerfasserIn]; Jensen, Marlene [VerfasserIn]; Juste, Ctherine [VerfasserIn]; Kleiner, Manuel [VerfasserIn]; Langella, Olivier [VerfasserIn]; Lehmann, Theresa [VerfasserIn]; [...]

    Critical Assessment of MetaProteome Investigation (CAMPI) : a multi-laboratory comparison of established workflows

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    2021

    Erschienen in: Nature Communications ; 12(2021), Artikel-ID 7305, Seite 1-15

  14. Schiebenhoefer, Henning; Schallert, Kay; Renard, Bernhard Y.; Trappe, Kathrin; Schmid, Emanuel; Benndorf, Dirk; Riedel, Katharina; Muth, Thilo; Fuchs, Stephan

    A complete and flexible workflow for metaproteomics data analysis based on MetaProteomeAnalyzer and Prophane

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    Springer Science and Business Media LLC, 2020

    Erschienen in: Nature Protocols